Yleisin ongelmatilanne .htaccess-määrittelyjen jälkeen on sivuille ilmestyvä Internal Server Error -ilmoitus. Kyseinen ilmoitus johtuu yleensä siitä, että .htaccess -määrittelyissä yritetään muokata Options-määreellä palvelimen asetuksia.
.htaccess-tiedostossa ei saa tehdä Options-määrittelyjä vaikka useissa oppaissa kyseisiä määrittelyjä neuvotaan tekemään. Palvelimen konfiguraatiossa Options-määrittelyiksi on asetettu seuraavat ominaisuudet, jotka toimivat oletuksena:
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
.htaccess-tiedostoon voidaan lisätä #-merkki Options-sanan eteen, jolloin palvelin ei käsittele kyseistä riviä.